Administrada de forma plural e colegiada por representantes de instituições filiadas, a Confederação Nacional do Transporte tem, em sua estrutura, três níveis decisórios. O primeiro deles é formado pelo Conselho de Representantes - constituído por 29 federações e 5 sindicatos nacionais, que é o órgão máximo deliberativo da instituição, e pelo Conselho de Ex-Presidentes, órgão deliberativo e consultivo da CNT. O segundo, por sua vez, é exercido pela Diretoria e pelo Conselho Fiscal, que têm atribuições deliberativas e consultivas. O terceiro nível é exercido pelos Executivos contratados, a quem compete o cumprimento das decisões emanadas pela Diretoria. A CNT conta ainda com o apoio de 24 entidades associadas.

Diretoria

Composta pelo Presidente da CNT, pelos Vice-Presidentes e pelos Presidentes de Seções, a Diretoria tem, como uma de suas atribuições, o cumprimento das leis nacionais e do Estatuto Social da Confederação, além das decisões emanadas pelo Conselho de Representantes. Cabe também à Diretoria aprovar, anualmente, os relatórios, os demonstrativos e as propostas de sua competência, atinentes à administração da CNT.