A Pesquisa Aquaviária CNT 2006 teve como propósito caracterizar os aspectos relacionados à infraestrutura portuária do país, identificar os gargalos existentes no sistema e apontar para possíveis soluções de curto, médio e longo prazos. O estudo focou na operação de portos marítimos e do transporte por cabotagem de carga geral.
A pesquisa avalia os portos sob a ótica dos agentes marítimos e avalia a qualidade dos serviços prestados pelos agentes públicos nos portos brasileiros e o seu impacto sobre a eficiência do sistema de transporte aquaviário de cargas.
As empresas de navegação que operam exclusivamente carga nacional, por meio do transporte de cabotagem, também são avaliadas, do ponto de vista de seus principais clientes. Eles apontaram as deficiências e as melhorias necessárias à expansão da utilização desse tipo de transporte no cenário nacional.
Foram coletadas informações de abril a julho de 2006, junto a 180 agentes marítimos e a 107 clientes da navegação de cabotagem de carga geral para identificar os principais entraves do setor portuário e produzir uma avaliação do transporte marítimo nacional.